يعمل الثوم علي تنظيف المعدة و الجهاز الهضمي من أي بيكتيريا او فيروسات . و يعمل علي تخفيف التهابات الجهاز الهضمي بشكل كبير جداً كما انه يحسن عملية التمثيل الغذائي . فيحتوي الثوم على مركب الإنولين الذي يعتبر غذاء للبكتيريا النافعه في الجهاز الهضمي الأمر الذي يحفز عملية الهضم. بالاضافة الي تحسين عملية الاخراج بشكل كبير و عدم التعرض الي اسهال أو امساك في حالة الحفاظ علي تناوله يومياً .