• حصل عام 1998 جائزة معهد تكساس للقلب وهو معهد غير ربحي لأمراض القلب والأوعية الدموية، كما تم انتخابه في نفس العام زميلاً للجمعية الملكية.
• عام 2003 حصل علي جائزة “أبقراط الذهبية الدولية” للتميز في جراحة القلب بموسكو.
• عام 2004 حصل علي جائزة الإنجاز مدي الحياة “الجمعية الدولية لزراعة القلب والرئة” في الإجتماع السنوي 24 في سان فرانسيسكو.
• حصل علي جائزة منظمة الصحة العالمية للخدمات الإنسانية.
• حصل علي جائزة فخر بريطانيا عام 2007.
• كما حصل علي لقلب فارس في عام 1992.
• ومن أهم الأوسمة التي حصل عليها هو وسام الإستحقاق عام 2014.
• نال وسام النيل للعلوم والإنسانية عام 2011.
• نال ميدالية ليستر للمساهمات في العلوم الجراحية عام 2015.

وغيرها من الجوائز التي حاز عليها الجراح العظيم الدكتور المصري مجدي يعقوب.